Магнітно-резонансну томографію (МРТ) проводять для оцінки патологічних та функціональних змін серця та легеневого кровообігу, що зазвичай не використовується в рутинній практиці. Метод застосовується для верифікації діагнозу ідіопатичної легеневої гіпертензії, а також легеневої гіпертензії, що асоціюється з вродженими вадами серця, тромбоемболією гілок легеневої артерії.
Головною перевагою методу є тривимірний (об'ємний) спосіб отримання зображень без артефактів від кісток і легеневих полів, високий просторовий дозвіл, а також відсутність променевого навантаження, неінвазивність, природний контраст від крові, що рухається. Найчастіше МРТ використовується при обстеженні пацієнтів із ПЛГ, тромбоемболією легеневої артерії, вродженими вадами серця зі скиданням крові зліва направо.